12% van de huidige bevolking van Keulen is Moslim. Dit komt vooral door Turkse immigranten. De belangrijkste Turks-islamitische organisaties van Duitsland zijn bijna allemaal in Keulen te vinden. Er zijn tegenwoordig 45 moskeeën in Keulen, daarvan in de wijk Ehrenfeld, één van de grootste in Duitsland. Op het ogenblik wordt er gewerkt aan de bouw van een moskee met twee 55 meter hoge minaretten  op dezelfde plaats. Sinds het jaar 313 is Keulen een bisdom, volgens de legende was de eerste bisschop de heilige Maternus. De voormalige Romeinse hoofdtempel van Keulen werd als eerste kerkgebouw gebruikt waarvan nog archeologische resten onder de huidige dom getuigen. De eerste dom van Keulen dateert uit 870. In 1164 kwamen door de Derde Kruistocht de lichamen van de drie koningen of de drie wijzen uit het oosten in Keulen terecht. Om de Relikwieën van de Drie Koningen een waardig huis te bieden werd in 1248 met de bouw van de nieuwe dom van Keulen begonnen. Tegenwoordig staan er in Keulen nog bijna honderd katholieke kerken, waarvan twaalf romaans en vier gotisch. Het Aartsbisdom Keulen is nog steeds het rijkste bisdom ter wereld. Dit komt vooral door de in Duitsland verplichte Kirchensteuer die iedere officieel ingeschreven katholiek moet betalen aan zijn bisdom.